В самом начале Великой Отечественной войны Евгений Абалаков добровольцем ушел на фронт. До лета 1942 г. он воевал под Москвой в составе отдельной мотострелковой бригады особого назначения. С августа с другими альпинистами участвовал в обороне Кавказа. Преподавал в школе военного альпинизма и горнолыжного дела Закавказского фронта и совершал восхождения. В 1944 г. руководил восхождением воинских подразделений на Казбек, а затем с офицерами-альпинистами совершил сложное первопрохождение — траверс пяти вершин Джугутурлючата.
В его честь названа вершина 6446 м, расположенная на Памире между пиками Ленинград и Бородино, хребет Академии Наук, горные вершины на Тянь-Шане, на Коммунаре (Красноярские Столбы) есть Абалаковская щель, на Такмаке (Красноярские Столбы) — Абалаковский цирк. Именем братьев Абалаковых в Красноярске названа улица.